《来魔女食堂吧》的设定类似于等价交换，有所得必有所失，许的愿望越大，付出的越多，是否值得只有本人清楚。

不少走进魔女食堂的人，面临某方面的绝境，物质的或心理的，或为了自己，或因为他人。人物身处的世界缺失公正。求职无法公平竞争，努力得不到回报，爱情换不来珍惜。其中几个小故事里，坏人怡然自得；好人不得不踏入魔女食堂，通过支付代价来换取改命。

以下内容涉及剧透。

女主的第一个故事支付代价后换来的是极端的报复。求职者支付两只手指换来的是英雄救美并认识成为助力的女方的机会。女歌手支付声音换来男朋友的无法离弃。奶奶支付记忆和独立生活能力，换来承担家庭抚养工作的媳妇。或许现世常有类似挫败，才会编出阎魔罗阇的审判、阿努比斯的天平等等借助超自然力量来追求最终公平的故事。《来》中的“弱者”——无法通过自己的努力来实现愿望的人们，支付了代价，换来的并非公平公正，而是改变个体命运的机会。不太一样的是男主的许愿和女主最后的许愿。男主的许愿是陪伴在女主身边，成为女主的助力。女主的许愿是出轨的男性找回自己的羞耻心，和无法再轻易抛妻弃女的他律。

最后的两集，伏笔收回。魔女也逃不脱命运。所有的相遇都是重逢。